在审计署发布的2008年第7号审计结果公告中，水利部因涉及违规金额巨大而受到关注。
此次审计发现的水利部主要问题包括：财政预算资金12301万元未细化到具体单位；以委托合同方式将2205万元项目资金转入所属单位；其机关服务局等7个部属事业单位未经批准，擅自将47753。72万元国有资产用于经营投资；部分单位转移财政资金1159。70万元等。
“财政资金使用出现问题主要在两个环节，一是预算体系本身出现问题，另一方面是资金拨下去后，执行中出现问题。”中国人民大学商学院EMBA中心主任徐经长表示，从今年的审计结果看，水利部在财政资金使用的两个环节上都出现了问题。
此次审计还发现，水利部部分下属单位采取报销假发票等方式虚列支出、套取现金476。81万元。珠江水利委员会（下称“珠委”）所属单位私设“账外账”48。22万元，并将公款357。97万元私存个人账户。黄河水利工程交易中心违规收费271。9万元。
“这些问题看似低级，但实际上并不低级。为什么审计风暴年年刮，还是会出现同样的问题？这主要反映出我们国家预算资金的日常管理非常薄弱。”徐经长表示。
以水利部为例，在2007年审计报告中，该部就被查出“部分所属单位基本建设项目结余资金274。54万元，未上缴中央财政”及“水利部水库移民开发局虚列项目支出149。52万元，导致账实不符”等问题。类似的问题，今年的审计报告上也出现于该部。
徐经长认为，如果基层不能树立（预算）法律意识，不加强日常管理，出现问题也没有严厉的处罚，那么这类问题就会不断出现。
据称，对这次审计发现的问题，水利部“高度重视，要求各单位认真研究，深入查找原因，制定切实有效措施，认真纠正和整改。目前，审计报告和审计决定指出的问题，已基本整改完毕”。 孟斯硕
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